第3回「グリーン物流パートナーシップ会議」が東京・大手町の経団連会館で2006年2月10日に開催され、会員企業・団体などから関係者約400名が出席した。
北側 一雄・国土交通大臣は挨拶で、「荷主の協力なくしては、なかなか二酸化炭素削減の成果を上げることはできないが、頑張っている企業をきちんと評価する仕組みも考えており、行政としてサポートしていきたい。各地域でも各運輸局が会議を進めており、しっかり成果を出していきたい」と述べた。
その後で、江村 祐輔・キャノン常務=グローバル環境推進本部長が同社の環境経営戦略とグリーン物流の推進について基調講演を行った。そして杉山 篤史・国土交通省政策統括官が2006年度のグリーン物流の展開方針を説明した。迎陽 一・経済産業省商務流通審議官はグリーン物流関連の新たな法制度を講演した。
また同会議のシンボルマークとロゴが発表された。
同会議は、日本ロジスティクスシステム協会・日本物流団体連合会・国土交通省・経済産業省が主催し、日本経済団体連合会の協力で、2005年4月に第1回会議が開催された。
9月に2005年度のモデル事業33件が選定され、国土交通省と経済産業省の審査で一定の要件を満たしていると判断された21件に補助金の交付が決定されている。