JR貨物は、2005年12月25日夜に発生した羽越線列車脱線事故の影響をまとめた。
2006年1月19日に運転を再開するまでの26日間(始発駅基準)に運休した列車は、コンテナが307本、車扱いが35本の、計342本だった。また12月26日から東北線・東海道線経由の迂回列車を運転した。期間は24日間で、運転本数は、札幌〜大阪間、秋田〜宇都宮間、富山〜大阪間にコンテナ列車をあわせて85本、八戸〜秋田間に車扱い列車を1本、合計86本。2006年1月11日からは新潟貨物ターミナル〜酒田港駅間(約140km)でトラック代行輸送を開始し、8日間に延べ201台のトラックでコンテナ836個を輸送した。トラック代行輸送にあわせて折り返し列車を上下あわせて30本運転した。
不通区間は通常、コンテナ列車が上下18本、車扱い列車が同2本運転されている。