JR貨物労組などJR各社の労働組合が加盟するJR総連は2004年6月6・7日、第20回定期大会を東京都内のホテルで開催した。
再選された小田裕司委員長(JR北海道労組)は挨拶で、「国鉄改革から18年目を迎えた。本州三社は順調に経営を続けている。三島・貨物会社は厳しい経営環境ながら黒字経営を続けている。これからは経営の安定に向けて、より一層の経営支援などの充実を図ることが大きな課題」、「改革で目指したものは『二度と雇用不安のない会社』であり、そのことは現在でも変わりない」などと述べた。
決定された向こう1年間の運動方針のうち国鉄改革完遂については、三島・貨物会社の経営基盤を確立するため加盟組合と連携し政策・制度要求の取組みを強化する、としている。また整備新幹線建設による諸問題の解決、安全・安定輸送の確立、利便性の向上、地方交通線の維持・活性化なども掲げられた。
JR総連加盟の労働組合はJR発足当初は多数派だったが、過激派との関係を取りざたされ、JR西日本や東海では現在 少数派となり、会社との関係も良好ではない。
しかしJR貨物労組は多数派を維持し、会社との関係も健全のようです。