JR貨物は2003年度の輸送実績(速報値)を2004年4月14日にまとめた。
年間の輸送量は、コンテナが対前年度プラス5.6%の22,016千トン、車扱いがマイナス3.3%の15,860千トン、全体はプラス1.7%の37,876千トンだった。
5月から9月にかけて地震や台風のため500本近くの列車が運休した。
コンテナの品目別は、冷夏のため政府米を下期に455千トン緊急輸送した農産品が34.7%のプラス。スピードリミッタ装着がトラックに義務付けされたため宅配便などの特積み貨物もプラス12.1%を記録。食料工業品やその他工業品・化学薬品などの主要品目も前年度を上回った。しかし酒・ビールは、大手メーカーが生産体系を変えたためマイナス1.5%だった。
車扱いは、暖冬だったため灯油の消費が増えず石油類はマイナス1.2%、石灰石や化学工業品も前年度を下回った。プラスを記録したのはセメントだけ。
なお車扱いの対前年度比は、前年度の中部国際空港土砂輸送を除いて算定されている。