不採用問題で中労委の救済命令を最高裁が取り消し最高裁判所第一小法廷は2003年12月22日、国鉄分割・民営化時に不採用となった本州・九州・北海道の国鉄労働組合(国労)員と旧・全国鉄動力車労働組合(全動労)員について、不採用はJRの不当労働行為にあたるとし中央労働委員会が発した救済命令を取り消す上告審判決を言い渡した。
判決は、「国鉄改革法はJR成立時の職員採用手続きの各段階における国鉄と設立委員の権限を明確に分離して規定しており、国鉄(国鉄清算事業団)が労働組合法7条にいう『使用者』として不当労働行為の責任を負うのであって、JR各社はその責任を負わない」とした。ただし少数意見として「JR各社は『使用者』として責任を負う」との反対意見を述べた裁判官もいた。
交通新聞は、1998年5月の東京地裁判決「新会社への職員採用に関して国鉄の立場は設立委員の補助機関とはいえず、まして国鉄と新会社に実質的な同一性があるとはいえない。だから中労委命令は違法」が"追認されたといえる"と報じている。
また国労の酒田充委員長は、「判決は国鉄改革法の形式的解釈から導かれたもので、採用手続きの実態に目をふさいでおり、強く抗議したい」と話した。これについて交通新聞は、国労が"政治的解決を目指す姿勢を示したが、司法の場での決着でさらに厳しい状況に追い込まれるのは確実といえそうだ"と述べている。
JR貨物など、関係しない四国を除くJR6社は社長名や人事部長名で、この判決を歓迎するコメントを出した。JR東日本の大塚陸毅社長は、「本日の判決により、不採用の主たる争点である国鉄改革法23条の解釈について、既に最高裁において確定しているこれまでの司法判断と同様の判断のもと、当社の主張の正当性を認めていただき、司法の場において最終的な解決をみたことは、誠に意義深いものと考えている」と述べている。
国土交通省は丸山博鉄道局長名で、「国土交通省は訴訟当事者でなく判決内容に関してコメントする立場にはないが、いずれにしても国鉄改革以降、長年にわたって争われてきたいわゆるJR不採用問題について一つの結論が出たという点で、大きな区切りになると認識している」とのコメントを発表した。
