日本鉄道建設公団と運輸施設整備事業団は2003年10月1日に、新法人の独立行政法人・鉄道建設=運輸施設整備支援機構に統合された。 鉄道建設と、鉄道や海運の運輸施設建設の助成を行い大量輸送機関の整備を図るとともに、運輸技術の基礎研究を進め、陸・海・空の輸送の円滑を図ることが設立の目的とされている。[b]
初代の理事長は小森博氏。1964年に国鉄に入社し、2003年3月からは日本鉄道建設公団総裁を務めていた。[b]