国土交通省は2003年9月19日、日本道路公団などの通行料金別納割引制度を2年以内に廃止し、ETCを活用したマイレージ的な割引制度へ移行する方針を決定した。
別納割引制度は1966年に導入された。物流事業者や路線バス会社・協同組合などが日本道路公団へ登録を申請する。登録された者にはカードが交付され、料金所では料金を支払わずこのカードを提示する。通行料が一括後払いとなり、利用額の多寡に応じ最高で30%の割引が適用される。
日本道路公団の2002年度の別納割引額は年間で約2200億円。7000以上の法人が登録されているが、約1100億円は約1000ある協同組合の割引分。
料金割引を目的に設立された異業種の事業協同組合が所得を隠し脱税するなど、不祥事が明らかとなり、問題となっていた。