JR貨物は2003年6月25日の機構改革で「IT推進本部」を新設する。IT(情報技術)戦略の充実・強化が目的。
従来からあるロジスティクス総本部のIT改革推進室と総合企画本部の情報システム部とをまとめ新しい本部とする。これにより同社の本社機構は、総合企画・営業推進・物流システム・開発・IT推進の5本部体制となる。
IT改革推進室はこれまで、「ITフレンズ」の構築作業を担当し、最新の情報通信技術を活用し競争力強化・業務効率化を進めてきた。本部として独立させ、これらの取り組みを加速させる狙いがある。
また設備投資を担当する経営企画部の設備投資グループを「投資計画室」へ格上げする。東京都内の田端操車場駅構内の開発の効率を上げるため「田端総合開発室」も新設される。