国鉄債務処理、土地売却で一部に赤字会計検査院の検査により、旧国鉄用地の売却で、全用地の約15%にあたる約200万平方メートルで赤字が発生するか発生していたことが、2002年11月7日に明らかになった。
検査の対象となったのは、1998年に国鉄清算事業団から日本鉄道建設公団が引き継いだすべての旧国鉄用地 1273万平方メートル。
各用地のレールや高架橋・建物の撤去などの売却費用を、売却済の土地は売却価格、未売却地は実勢価格を元にした売却見込み額と、それぞれ比較した。その結果、地価の下落などにより全体の15%にあたる約200万平方メートルで採算割れが生じていた。
工事がかなり進んだところで建設中止が決まった、名古屋の南方貨物線については、用地11万平方メートルの売却見込み額 約40億円に対し高架橋の撤去に少なくとも約二百数十億円がかかると、会計検査院は試算している。
また佐賀県の呼子線用地13万平方メートルは売却費用10億円に対し価格は3億円、北海道の岩見沢駅周辺の47万平方メートルは費用9億円に対し価格は6億円だった。
なお鉄道建設公団は、引き継いだ全ての旧国鉄用地を2003年度末までに処分することが1998年の閣議で決まっている。
1987年の国鉄分割・民営化時に設立された国鉄清算事業団は国鉄の余剰用地を引き継ぎ、約9300万平方メートルの土地を売却した。
1998年に業務を引き継いだ日本鉄道建設公団国鉄清算事業本部は、すでに約830ヘクタールを2001年度末までに売却している。[b]
