並行在来線を引き継ぐ三セク鉄道への線路使用料、3〜6倍へ国土交通省は2002年10月18日、整備新幹線開業後に並行在来線の経営を引き継ぐ第三セクター鉄道にJR貨物が支払う線路使用料の計算ルールを決定した。線路使用料は現在の3倍から6倍となる。12月1日に開業する東北新幹線盛岡〜八戸間の並行在来線から適用する。
新ルールでは、年間に約400万トンの貨物が通過する東北本線・盛岡〜八戸の場合、線路使用料は14億円となる。IGRいわて銀河鉄道と青い森鉄道が距離に応じて分ける。
また2003年度末開業予定の九州新幹線・八代〜西鹿児島間の並行在来線(八代〜川内間)の場合、貨物通過量は年間約40万トンで、線路使用料は約3億円となる。
新ルールは、北陸新幹線開業にともない並行在来線を引き継いだしなの鉄道には適用されない。共同通信は、同社側から新ルールの"適用を求める要望が出ることも考えられる。"としている。
現在は、国鉄分割民営化時から経営の厳しいことが予想されていたJR貨物を旅客会社が支援する形で、アボイダブルコストルールにより線路使用料を計算している。これはレールや架線などの改修費用ほどの金額で、盛岡〜八戸間の場合約4億円、八代〜川内間で約5000万円となっている。
しかし並行在来線の経営を引き継ぐ第三セクター鉄道にJR貨物を支援する余裕はなく、またその法的・倫理的必要性もない。
JR貨物の経営も厳しいため、線路使用料の値上げ分を旅客会社が支払う新幹線貸付料から補填するための政令改正を、政府は2002年10月25日の閣議で決定した。
