熊本県は2002年7月29日、九州新幹線鹿児島ルート開業後に並行在来線(鹿児島本線)を運営する第三セクターの収支見通しを発表した。初期投資額や収支計画を見直し、開業後10年目までは黒字を確保できると試算した。
収支計画の見直しでは、JR貨物が支払う線路使用料が増額された。また運賃や定期券の割引率を九州の他の第三セクター鉄道並にしている。人件費や時刻表作成費は減額した。変電設備や一部の工事費はJR九州の負担に移した。