新潟県の平山征夫知事は2002年5月15日の記者会見で、新潟臨海鉄道の解散を検討していると明らかにした。
同社は1993年度以降 単年度黒字が続いており、藤寄駅近くの新潟鉄工所の鉄道車両輸送も行っている。しかし新潟東港の拡張のため藤寄〜太郎代間の鉄道を廃止しトラックへ転換する計画があった。
知事は会見で、トラック輸送への転移が進んでいることもあり、JR貨物とも協議したところ、一部のみ鉄道を残しても経営の見通しが明るくない、赤字が累積する可能性が大きいと明らかにした。
また沿線にある新潟鉄工所は2001年11月27日、会社更生法の適用が決まったが、鉄道車両部門の引き受け手が決まらず、鉄道車両輸送の先行が明るくないことも臨海鉄道廃止の要因の一つにあげた。
また解散への課題として、線路の撤去費用と、すでに契約している路線短縮にともなう補償をあげている。