JR貨物は熊本駅を着発線荷役化し、2002年3月25日に開業式を行った。 ホーム面積が2倍強となり、総面積は7万9千平方メートル。コンテ貨車20両が一度に荷役できるホームもある。ホームの最大幅は175メートル。交流電化区間のため荷役ホームは軌道より一段低くなっている。 信号やポイント制御に電子連動装置が導入された。
着発線荷役化で貨物の積込が遅くなるため、スピード重視の路線貨物の利用拡大が期待されている。
着発線荷役駅は、熊本を含めて全国で23駅となる。