JR貨物が九州新幹線開業後に鉄道の鹿児島撤退も示唆西日本新聞は、九州新幹線の八代〜川内間開業後に並行在来線を引き継ぐ予定の第三セクター鉄道に鹿児島県側の関係自治体が参加しない場合、JR貨物はこの第三セクター鉄道に乗り入れない方針であることが2001年11月6日に明らかになったと、2001年11月7日に報じた。
鹿児島県側の関係自治体は、利用者数の割に経営困難が予想される第三セクター鉄道の設立に慎重。
しかし、仮に熊本県側だけが並行在来線を引き継いでも鹿児島へ通じなければJR貨物にメリットはない。このため、鹿児島県側の並行在来線が廃止される場合、鹿児島県に発着する約235個(一日平均)のコンテナは熊本駅(熊本市)へ自動車輸送する方針。
なお第三セクター鉄道の運営は当初、赤字が見込まれていた。しかし2001年8月にJR側が支援を提案し、開業初年度の収支見込みが、9,800万円の赤字から1億600万円の黒字に改善された経緯がある。
JR貨物の線路使用料収入(年間 2億6500万円)がなくなると、JR九州からの支援があっても第三セクター鉄道は初年度から1億5900万円の赤字となる見込み。熊本県側は単独でも第三セクター鉄道を設立する意向だが、マイナス要因となることが予想されている。
