JR会社法の改正法が成立完全民営化のために、JR東日本・JR東海・JR西日本の本州3社をJR会社法の対象から外す改正法が、2001年6月15日に衆議院本会議で可決され、成立した。6ヶ月以内に施行され、証券市場の動向を見て3社の政府保有株式はすべて売却され、完全な民間会社となる。
現在のJR会社法は、JR貨物などJR7社の社債募集や長期借り入れ、代表取締役・監査役の選任、年度事業計画などに政府の認可が必要と定めている。
改正法の成立で、本州3社の、これらの束縛はなくなる。
しかし設立の経緯から、地方路線の維持や他の小売業者への配慮、運賃制度などに関する指針を国が設け、国土交通大臣が3社を指導・助言することができる。指針には、JR貨物が3社に支払う線路使用料の現行の算定ルール(アボイダブルコストルール)の維持も盛りこまれる方針。
また、JR東海が完全民営化の条件としていた債務返済の政府支援策について、2001年夏までに税制の優遇措置として実現する方向で協議を進める(三島会社をのぞくJR各社は国鉄の長期債務の一部を引き継いでいる)。[b]
法案成立時の政府の株式保有割合は、JR東日本が12.5%、JR東海が39.7%、JR西日本が31.5%となっている。[a]
