国土交通省が発足従来の運輸省と建設省・国土庁・北海道開発庁が統合され、国土交通省が2001年1月6日に発足した。これは中央省庁を1府22省庁から1府12省庁へ再編する一環で、他に郵政省・自治省から総務省、文部省・科学技術庁から文部科学省、厚生省・労働省から厚生労働省が誕生した。また内閣府があらたに設置された。
初代の国土交通省大臣は扇 千景・参議院議員(本名:林 寛子。比例区選出、当選4回、保守党党首、67歳)。2000年7月に建設大臣に就任、省庁再編に備え12月に運輸大臣にも就任していた。
また政務次官に代わり副大臣制が導入され、初代の同省副大臣は高橋 一郎・衆議院議員(東京比例代表区選出、当選5回、74歳、自民党)と泉 信也・参議院議員(比例代表区選出、当選2回、63歳、保守党)が就任した。高橋氏は東京都中野区議・東京都議などを歴任し、政治家の家系。泉氏は運輸省出身で、2000年7月から運輸総括政務次官。
鉄道行政を担当する鉄道局は、本省の内部部局の下に置かれる。
省庁再編は行政のスリム化と政治主導、縦割り行政の打破を狙って始まった。
国土交通省は多くの公共事業を所管するため"利権官庁"になるという批判がある一方で、建設省が道路、運輸省が鉄道・自動車・港湾・空港と分離していた交通行政が統合され、総合的な交通行政が実施される期待もある。
