国土交通省は、JR完全民営化にあたり線路使用料のアボイダブルコストルール維持など次の経営指針を設け、問題がある場合に国がJRへ勧告する制度を創設する方針を2001年1月23日に決定した。
これらの経営指針は当分の間の措置とする。また指導や勧告だけでなく、改善命令の導入についても検討している。
同省は完全民営化のためのJR会社法改正案を2001年3月の通常国会に提出する方針で、JR本州3社の完全民営化を進める。
なおJR貨物は経営体質が弱く、完全民営化の目処は立っていない。
なお読売新聞は2001年3月6日、改正案の内容が3月5日に明らかになったと報じた。完全民営化される3社を対象に、配慮すべき事項について指針を作成し、指針に違反した場合は、国土交通省がJR3社へ、勧告、違反内容の公表、改善命令などを行える。改善命令に従わなければ、会社の取締役に100万円以下の過料を課す。[b]
また線路使用料を低く抑えることが規定されている。[b][c]
JR会社法の改正案は2001年3月13日に閣議決定された。[d]
衆院本会議で2001年6月15日に可決・成立した。