整備新幹線開業後はJR貨物に財政支援政府・与党の整備新幹線検討委員会(座長：安倍 晋三郎・官房副長官)の作業部会が2000年12月1日に首相官邸で開かれ、整備新幹線開業後に並行在来線を運営する第3セクターへJR貨物が支払う線路使用料の問題で、JR貨物へ線路使用料の値上げ分を補助する案を、運輸省が示した。[c]
与党はこの案を了承し([a])、運輸省が発表した([c])。
この案によると、整備新幹線を運営する旅客会社が鉄道建設公団へ支払う貸し付け料を財源に、10億円を調整金としてJR貨物へ支払う。JR貨物はこれで、新幹線開業後の線路使用料の値上がり分をまかなうことになる。
また、この制度を北陸・九州新幹線の並行在来線第3セクター化にも適用するため、必要な法改正を行う。
なお、旅客会社が支払う貸し付け料は現在、建築費用の債務返済と整備新幹線の建設費用に使われている。
岩手県の増田寛也知事は13日の記者会見で「第3セクターが受け取る(線路)使用料は交渉中だが、とりあえずの一歩を踏み出したと思う」とこの支援策を評価した。そして「最後はJR貨物の経営判断になると思うが、県としては三セクの経営安定のために(線路使用料算定の)具体的なルール作りを行いたい」と、JR貨物へ適正な線路使用料の支払いを求めていく方針を示した。[d]
貨物輸送の経営基盤が弱いため国鉄の分割・民営化時から、線路を所有するJR東日本などの旅客会社へJR貨物が支払う線路使用料は、低目に押さえられていた(アボイダブルコストルール)。2002年度の開業が予定されている東北新幹線・盛岡〜八戸間の場合、JR貨物がJR東日本へ支払う線路使用料は年間約5億円となっている。
しかし、整備新幹線開業後に同区間の経営を引き継ぐ第3セクター会社の主体となる岩手県・青森県は、線路使用料として約15億円を求めており、差額の10億円の負担をめぐり議論が続いていた。
またJR貨物は不況の影響もあり、輸送量の減少と運賃単価の低下で7期連続の経常赤字が続いており(2000年度は黒字の見通し)、経営基盤が弱い。
