JR伯備線の黒坂〜根雨間で10月28日に土砂崩れ起き不通となっている。貨物列車は11月5日までに71本が運休し、JR貨物は573個のコンテナを代行トラックで岡山や大阪へ輸送した。また11月9日には240個が境港から東京港へコンテナ船で輸送された。
なお伯備線は地震の影響で10月上旬にも不通となっている。