2000年9月8日から11日にかけて、秋雨前線と台風14号の影響で関東・中部地区の各地で大雨となり、上越・東海道・中央・関西・紀勢の各線でコンテナ列車299本と車扱列車90本が運休した。なお14日の夕方までに全線が平常運転に戻った。
特に東海地区では9月11日朝から12日の朝まで豪雨が続き、11日夕方には名古屋周辺のJR・名鉄・近鉄の各線が全面的にストップした。
このため運転中のコンテナ列車33本(コンテナ 2035個)が途中の駅で動けなくなり、急送品のコンテナ467個は途中駅でおろしてトラックで代行輸送した。クールコンテナ158個については冷却用の燃料やドライアイスを補給した。
12日から14日には、不通の東海道線を迂回し上越・北陸線経由で東京貨物ターミナル〜福岡貨物ターミナル間のコンテナ列車を運転し、3日間でコンテナ300個を輸送した。
またJR貨物の管理する、東海道線稲沢駅(機関区がある)や関西線の富田・四日市駅では線路が冠水し、ポイントのモータなどが使用不能となった。
この豪雨による減収額は約7億円。[c]