JR貨物は2000年6月22日に本社ビルで第13回株主総会を開催した。1999年度の営業概況・貸借対照表・損益計算書などが報告され、株主の日本鉄道建設公団国鉄清算事業本部が承認した。
また、総会の終了後 伊藤直彦社長が社員に向け訓示を述べた。[b]
この中で伊藤社長は、事業計画で示した5億円の経常利益確保に向けがんばってほしい、(一般紙で鉄道貨物を支持する記事が出たことに関連し)JR貨物にとって追い風が吹いてきているなかで社会の要請に応えるため我々自身が奮起していかねばならない、IT時代にふさわしい鉄道事業に変身しなければ21世紀に生きていけない、などと述べた。[b]
JR貨物は2000年6月22日、第13回定時株主総会の後の取締役会で役員人事を決定した。
社長は、引き続き伊藤直彦氏。ただしロジスティクス総本部長との兼任は解消し、岩沙克次・専務がロジスティクス総本部長と物流システム本部長を兼任することとした。
また米本亮一常務がロジスティクス総本部副総本部長に、原照明・東京貨物開発社長が監査役に就任した。
他に執行役員として菊地保夫氏が財務部長、同・佐藤俊助氏が東北支社長、同・田村修二氏がロジスティクス総本部営業推進本部長・営業部長・総合企画本部副本部長、同・斉藤実氏がロジスティクス総本部営業推進本部副本部長、同・小林正明氏が総合企画本部副本部長・企画部長、同・高中宏氏が九州支社長、同・堀川健夫氏が北海道支社長、となった。
またロジスティクス総本部の下に新設されたIT改革推進室の室長には、ロジスティクス総本部業務刷新部長の瀬山正氏が就いた。