開業当初は運送施設が未整備であったため牛やブタ・羊・ヤギ・馬などは鉄道で輸送していなかった。その後 設備も整ってきたため、1875(明治8)年7月10日に制度(「鉄道貨物運送補則」第28条)を改正し、新橋〜横浜間で家畜の運送が始まった。
家畜を運送する際の必要事項として、託送の前日までに駅長へ連絡し、当日は列車出発の45分前までに駅に持ち込むこと、貨車への積み卸しは荷主が行うこと、などがあった(鉄道貨物運送補則、鉄道荷車運輸処務規定)。
そして、京都〜神戸間でも1878年12月から家畜の運送が始まった。取扱は新橋〜横浜間の方法が踏襲された。