工部卿は1874(明治7)年8月7日、鉄道貨物運賃の5%の手数料を三井組に対して支払うことを許可した。
三井組は貨物取扱業を始めて以来、多くの荷主の荷物をまとめ託送することに努めてきた。そこで貨物運賃の5%を手数料として支払ってほしいと、鉄道寮に対し求めてきた。
これに対し鉄道寮は、輸送量の7・8割を取り扱うほどになった三井組の努力を容れ、1874年7月30日、三井組の申請を承認するよう工部卿に上申した。工部卿は8月7日、これを承認した。
1875(明治8)年4月1日から手数料は荷主が支払うよう制度が変更になったが、それまでに三井組が鉄道寮から得た手数料の合計は1465円63銭9厘だった。