ヤマト運輸東京主管支店は東京都の中央区・台東区・墨田区・江戸川区・葛飾区の6区を担当する。1997年9月に江東区枝川から同区有明へ移転した。一か月に平均、発送10万個、到着7万個の宅急便を扱っている。
宅急便の幹線輸送は、その9割がトラック。主管支店が5つある東京支社全体で、30フィートの私有コンテナ11個を、札幌(タ)に5個、福岡(タ)に5個、熊本に1個、それぞれ往復運用している。また東京発の荷物量が多い。その調整に、浜小倉へ2個、西岡山へ1個のJRコンテナも併用している。
さらに1998年6月から、12フィートのJRコンテナを、福岡(タ)に6個、熊本へ4個、西岡山へ1個、それぞれ使用開始した。
荷物はロールボックスパレットに入れて、コンテナへ積み込む。30フィートの私有コンテナには、10トンとラックと同じく16個のロールボックスパレットが入る。12フィートコンテナは6個。なお20フィートコンテナ(30Aなど)には10個が積載可能。このため同社は今後、ロットを多様化し効率を上げるため、30Aコンテナの利用も検討している。
同社は鉄道輸送のメリットとして、以下をあげる。
一方トラック輸送のメリットとして、小回りがきくことをあげる。
同社の幹線輸送は、発地で21時までに集荷し、着地に翌日の6時までに着くことが基本。また遠隔地へは、翌日の12時着の便もある。したがって列車ダイヤもこのパターンに合わなければならず、現状は北海道・九州・岡山でしか鉄道を利用していない。しかし同社は、23時か24時に出て翌朝の6時までに到着するダイヤならば、名古屋や大阪でも鉄道を使いたいと話している。
東京主管支店の碇支店長は、運転士の交代時間や保線作業中の列車運行の工夫などで時間を短縮する方法があるはず、と話す。