根室コンテナ通運デポは、1984年のダイヤ改正時に根室駅構内の国鉄用地を日本通運と根室通運が貸借して設置した。当時の拠点駅は浜釧路駅。その距離は132.5kmあった。
1989年7月末に、浜釧路駅の貨物営業が廃止となり、8月1日から新富士駅が拠点となった。その距離は約135km。
さらに1997年に根室通運が根室市内の自社用地へデポを移転した。日本通運は従来どおり。
拠点駅との輸送に、根室通運は2個積み車10台を、市内集配と共用で投入している。日本通運は3個積み車5台を使っている。片道約2時間半かかるので、基本的に1車が1日1往復する。繁忙期は2往復することもある。
発送個数は、両通運合わせて1997年度は2,870個。新富士駅の発送貨物の約1割に当たる。また1997年度の到着個数は334個だった。
発送貨物は、関東や関西向けの水産物が多い。冬から春先はタラ、春はサケマス・昆布、8〜10月はサンマなど。
根室発の貨物の多くは、新富士駅の締め切り時刻が18時40分の隅田川ゆき列車を利用する。これに載せるためには、根室デポを15時ころに出発しなければならない。
早朝水揚げした魚介類を加工して当日出荷するところもあり、市内集荷に時間的余裕がないこともある。