1997年にJR貨物関西支社長の米本氏は、関西支社管内で自動車代行駅化を検討しているのは防府貨物駅だけだと話した。また自動車代行化は支社で判断するとしていた。その後、1998年10月ダイヤ改正に合わせて自動車代行化された。
代行輸送には、防府通運と日本通運が3個積み車と2個積み車を各1台、中国フレートサービスが2個積み車を1台、毎日5往復させ、計 60個の輸送力を確保している。代行便の所要時間は片道30分。道路が混雑し、峠越えもあるため、代行便ダイヤに余裕はない。
自動車代行化後の、1998年度下記の実績は、5トンコンテナ換算で発送が4,523個、到着が8,188個だった。
代行化以前の1998年度上期に主要荷主のJTがトラックへ転換したなどのため、前年度に比べ大幅なダウン。しかしそれらを除けば、発送は10個、到着は472個、それぞれ増加している。
また防府貨物駅を管轄する山口営業支店は、「代行化に関するクレームは一つもない」としている。防府通運も、輸送日数の短縮や早朝配送が可能になったため、荷主の評判も良いと話す。
なおJR貨物は拠点駅との距離別に、自動車代行と直接集配を見直した。防府貨物駅も拠点駅(新南陽)との距離が20km以下なため、検討の対象となった。しかし荷主は防府貨物駅の西・北側に位置し、代行ルート沿いの貨物はない。また直接集配となると1個積みトラックが増え、道路混雑に拍車がかかるなどの問題点がある。