JRコンテナと私有コンテナあわせて約10万個のコンテナを保守しているJR貨物のコンテナ検修庫は、以下の15駅に所在する。コンテナの定期点検や修理を行っている。
| 所在駅 | 担当部署 | 委託先 |
|---|---|---|
| 札幌(タ) | 札幌機関区 | 北海道JR整備(株) |
| 宮城野 | 長町機関区宮城野派出 | 東北フレートサービス(株) |
| 東京(タ) | 大井機関区 | 日本フレートライナー(株) |
| 隅田川 | 隅田川貨車区 | 関東車両整備(株) |
| 新潟(タ) | 東新潟機関区 | 新潟臨海サービス(株) |
| 静岡貨物 | 静岡総合鉄道部 | 名古屋貨物開発(株) |
| 名古屋(タ) | 愛知機関区 | 名古屋貨物開発(株) |
| 梅小路 | 梅小路駅 | 関西フレートサービス(株) |
| 大阪(タ) | 大阪(タ)駅 | 関西フレートサービス(株) |
| 梅田 | 梅田貨車区 | 関西フレートサービス(株) |
| 百済 | 百済駅 | 関西フレートサービス(株) |
| 神戸港 | 神戸港駅 | 関西フレートサービス(株) |
| 西岡山 | 岡山機関区 | 山陽フレートサービス(株) |
| 広島(タ) | 広島車両所 | 中国フレートサービス(株) |
| 福岡(タ) | 福岡総合鉄道部 | 九州フレートサービス(株) |