運送保証協会は、1956年に通運と金融機関が共同で出資し設立した株式会社。
通運は保証料を運送保証協会へ支払う。そして、もし通運の支払能力がなくなったときは協会が代位弁済する。保証料は運賃額に応じて決まる。
JR貨物の運賃収受システムでは、荷主は輸送運賃を通運事業者へ支払う。そして通運が1ヵ月分をまとめて翌月の末日までに、JR貨物へ後払いする。
後払いのため、通運はJR貨物へ担保を提出する。担保としては、金融機関の保証やJR貨物の保証、現金・有価証券をJR貨物へ提出、などがある。つまり運送保証協会はJR貨物公認の保証機関。
将来は、旅客会社との関係強化をねらっている。