JRグループは2003年7月30日に、10月1日に行うダイヤ改正の内容を発表した。
JR貨物は新型機関車や旅客列車とのダイヤ調整で、主要都市間列車をスピードアップする。このうち隅田川駅〜札幌貨物ターミナル駅間で初めて17時間を切る16時間56分の列車を設定する。
また中継駅を見直し、翌日配送可能な区間を増やす。東京発・北海道道東着、北東北発・名古屋着、長野発・南九州着などが新たに翌日配送区間となる。北九州貨物駅に停車する本州発の下り列車を現在の13本から17本へ増やし、九州地区のネットワークを充実させる。
新設された南松本発・梶ヶ谷貨物ターミナル駅ゆきのコンテナ列車は、梶ヶ谷で宇都宮貨物ターミナル発・九州ゆき列車へ連結される。従来は長野発・九州着貨物は4日目到着だったのが実質3日目着となり、荷主から好評。トラックがほとんどだった九州向けの野菜輸送のオンレール化が進んだ。途中での積み替えがなくなり「『荷傷みの心配がなくなる』と高く評価され」ている。[c]
改正前は、中央西線経由で稲沢駅まで運ばれ、ここから安治川口駅へ、そしてトラック代行輸送で大阪貨物ターミナル駅まで運ばれ、ここで九州ゆきの列車に載せられていた。[c]
この列車の新設は、鉄道貨物協会の鉄道輸送懇談会で荷主から出された要望に応えたもの。[c]
一方で車扱い列車は需要にあわせ一部を廃止する。
ISOタンクコンテナや大型コンテナの取扱が増えていることから、盛岡貨物ターミナル駅や静岡貨物駅など7駅にトップリフターを新しく配置する。電気機関車13両とディーゼル機関車2両を年度末までに新製配備するほか、コキ200形貨車も20両新製する。野菜輸送などに適した新型の通風コンテナや、30フィート大型コンテナなど、コンテナ約7100個を今秋に投入する。
さらに12月1日には「神戸貨物ターミナル駅」が開業する。着発線荷役(E&S)が可能な新駅。神戸地区の貨物駅はこれまで枝線に神戸港駅があったが、これを廃止し、本線上に新設される。
現在の神戸港駅より6本多い16本の列車が停車し、着発線荷役のメリットを活かす。仙台への所要時間が約16時間短縮され約18時間となるなど、各地への所要時間が大幅に短くなる。
また、衣浦臨海鉄道は2003年10月1日のJRのダイヤ改正に合わせて、半田埠頭駅に新しく完成したコンテナホームを利用してコンテナ列車の到着を約3時間繰り上げ13時過ぎとし、当日中の配達を可能とした。
新設されたコンテナホームは面積が約5000平方メートル。コンテナ留置や荷役に十分なスペース。コンテナ貨車10両の荷役が可能。